Epidémie et tests PCR - Accroissement et interrogation
Philippe Brindet - 23/10/2020
Mesure de l'épidémie
Au printemps, les autorités sanitaires en France mesuraient le progrès de l'épidémie de SARS-CoV-2 par le nombre de décès quotidiens et le nombre de réanimations. Depuis que ces chiffres sont retombés, ces mêmes autorités sanitaires se sont mises à tester par RT-PCR et de manière forcenée les bien-portants de sorte que le taux d'infection mesuré par le nombre de tests positifs rapporté au nombre de tests pratiqués est maintenant utilisé de manière alarmiste. Bien ...
Le Ministère de la Santé publie une consolidation quoitidienne du nombre des tests réalisés et du nombre de positifs (https://dashboard.covid19.data.gouv.fr/vue-d-ensemble?location=FRA) . Il aurait été plus simple de publier uniquement le nombre de tests quotidiens et le nombre de cas positifs. Il n'y a qu'à faire le calcul ... Toujours est-il que, sans faire de calcul, le tableau de bord du Ministère de la Santé indique que, depuis le début des tests RT-PCR, le taux d'infectivité est de 6%.le 19/10/2020. Il était de 3% le 09/09/2020. Il a donc doublé et régulièrement doublé depuis début Septembre.
Joint au problème des faux positifs et des défauts de sélectivité du tests RT-PCR, il n'y a là rien de quoi s'inquiéter. Malheureusement, un facile calcul montre quelque chose de plus alarmant.
Même les épidémiologistes alarmistes s'interrogent ...
Mon attention a été attirée par une intervention sur LCI d'un épidémiologiste modélisateur, Martin Blachière, qui s'est inquiété d'une hausse soudaine des taux d'infectivité. Or, cet homme est régulièrement invité sur toutes les radios et plateaux TV pour y faire la promotion de la seconde vague, des mesures de distanciation sociale et de fermeture de la vie économique et sociale, jusqu'à en exaspérer des scientifiques comme le Pr Toussaint.
Or Martin Blachière selon LCI a déclaré Plus de 30.000 nouveaux cas en 24 heures : "On se demande s'il n'y a pas un bug avec les données". Blachière se demande s'il n'y a pas un bug, parce qu'il n'y a aucune interprétation satisfaisante à cet accroissement. Il dirige une entreprise d'analyses de données épidémiologiques et ses équipes n'ont aucune réponse. Ils ont questionnés Santé Publique France. L'accroissement date du début octobre, dans toutes les régions, dans toutes les classes d'âge, alors que le SARS-CoV-2 touche certaines régions (pas toutes en même telmps) et surtout les personnes âgées.
Le retraitement du Tableau de bord du ministère de la santé
J'ai donc recopié les données quotidiennes publiées par le Ministère de la Santé France du 9 septembre 2020 au 19 octobre 2020, dernières données disponibles. J'ai ajouté une colonne pour indiquer le nombre de nouveaux tests quotidiens et le nombre de nouveaux positifs quotidiens. J'ai ensuite calculé une colonne du taux d'infection quotidien et une colonne pour sa variation quotidienne.
| https://dashboard.covid19.data.gouv.fr/vue-d-ensemble?location=FRA |
|
|
|
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|
| Date |
Tests |
Positifs |
Q tests |
Qpositifs |
Qtx |
D Qtx |
| 09/09/20 |
8178786 |
275726 |
|
|
|
|
| 10/09/20 |
8391118 |
287745 |
212332 |
12019 |
5,66% |
| 11/09/20 |
8611993 |
298986 |
220875 |
11241 |
5,09% |
-0,57% |
| 12/09/20 |
8698740 |
303467 |
86747 |
4481 |
5,17% |
0,08% |
| 13/09/20 |
8722475 |
305019 |
23735 |
1552 |
6,54% |
1,37% |
| 14/09/20 |
8950895 |
319670 |
228420 |
14651 |
6,41% |
-0,12% |
| 15/09/20 |
9173922 |
333132 |
223027 |
13462 |
6,04% |
-0,38% |
| 16/09/20 |
9380611 |
346526 |
206689 |
13394 |
6,48% |
0,44% |
| 17/09/20 |
9583101 |
360204 |
202490 |
13678 |
6,75% |
0,27% |
| 18/09/20 |
9785369 |
373395 |
202268 |
13191 |
6,52% |
-0,23% |
| 19/09/20 |
9863666 |
378592 |
78297 |
5197 |
6,64% |
0,12% |
| 20/09/20 |
9887334 |
380380 |
23668 |
1788 |
7,55% |
0,92% |
|
| 21/09/20 |
10082499 |
395906 |
195165 |
15526 |
7,96% |
0,40% |
| 22/09/20 |
10259812 |
410042 |
177313 |
14136 |
7,97% |
0,02% |
| 23/09/20 |
10421708 |
422931 |
161896 |
12889 |
7,96% |
-0,01% |
| 24/09/20 |
10582675 |
435566 |
160967 |
12635 |
7,85% |
-0,11% |
| 25/09/20 |
10748758 |
447748 |
166083 |
12182 |
7,33% |
-0,51% |
| 26/09/20 |
10816540 |
452537 |
67782 |
4789 |
7,07% |
-0,27% |
| 27/09/20 |
10834379 |
453916 |
17839 |
1379 |
7,73% |
0,66% |
| 28/09/20 |
11004002 |
467552 |
169623 |
13636 |
8,04% |
0,31% |
| 29/09/20 |
11156607 |
480264 |
152605 |
12712 |
8,33% |
0,29% |
| 30/09/20 |
11301507 |
493513 |
144900 |
13249 |
9,14% |
0,81% |
| 01/10/20 |
11448605 |
508039 |
147098 |
14526 |
9,88% |
0,73% |
| 02/10/20 |
11609034 |
524116 |
160429 |
16077 |
10,02% |
0,15% |
| 03/10/20 |
11679489 |
531288 |
70455 |
7172 |
10,18% |
0,16% |
| 04/10/20 |
11698283 |
533249 |
18794 |
1961 |
10,43% |
0,25% |
| 05/10/20 |
11879563 |
554578 |
181280 |
21329 |
11,77% |
1,33% |
| 06/10/20 |
12045580 |
574135 |
166017 |
19557 |
11,78% |
0,01% |
| 07/10/20 |
12208478 |
594775 |
162898 |
20640 |
12,67% |
0,89% |
| 08/10/20 |
12383757 |
617196 |
175279 |
22421 |
12,79% |
0,12% |
| 09/10/20 |
12581043 |
641098 |
197286 |
23902 |
12,12% |
-0,68% |
| 10/10/20 |
12669933 |
652310 |
88890 |
11212 |
12,61% |
0,50% |
| 11/10/20 |
12693884 |
655470 |
23951 |
3160 |
13,19% |
0,58% |
| 12/10/20 |
12917650 |
686578 |
223766 |
31108 |
13,90% |
0,71% |
| 13/10/20 |
13124200 |
714553 |
206550 |
27975 |
13,54% |
-0,36% |
| 14/10/20 |
13333895 |
742785 |
209695 |
28232 |
13,46% |
-0,08% |
| 15/10/20 |
13558231 |
773983 |
224336 |
31198 |
13,91% |
0,44% |
| 16/10/20 |
13799613 |
806694 |
241382 |
32711 |
13,55% |
-0,36% |
| 17/10/20 |
13906021 |
821337 |
106408 |
14643 |
13,76% |
0,21% |
| 18/10/20 |
13935667 |
825864 |
29646 |
4527 |
15,27% |
1,51% |
| 19/10/20 |
14182285 |
866928 |
246618 |
41064 |
16,65% |
1,38% |
- Le taux d'infection augmente lentement en Septembre et accélère au début Octobre. On peut remarquer une hausse du taux d'infection aux quatre dates suivantes :
- 13 septembre (1,39%)
- 5 octobre (1,32%)
- 18 octobre (1,51%)
- 19 octobre (1,38%)
Pourquoi ces sauts de l'ordre de 1,5% ?
- Le nombre de jours dans lesquels le taux d'infection diminue sur celui de la veille est de 7 sur 21 entre le 13 septembre et le 5 octobre, puis de 4 sur 12 jusqu'au 18 octobre, soit exactement la même proportion de jours de baisse du taux d'infection. Pourquoi cette régularité ?
- La droite de tendance de la variation quotidienne du taus d'infection du 13 Septembre au 4 octobre a pour pente 0,001956 et pour Rx 0,8318
La droite de tendance du 6 octobre au 17 octobre a pour pente 0,001670 et pour Rx 0,72524
L'adaptation linéaire devient donc moins bonne en seconde période (Rx plus faible). Cependant, on remarque que, retiré l'excès du 5 octobre, la pente de la tendance linéaire du taux d'infection est moins forte en seconde période qu'en première période. Pourquoi ? Ne serait-ce pas l'indication du rôle artificiel des "sauts" d'infectivité des 13 septembre, 5, 18 et 19 octobre sur l'apparence fortement croissante de la courbe du taux d'infection quotidien Q tx ? Ou alors, le taux d'infection croitrait-il en réalité plus lentement depuis début Octobre qu'au cours du mois de Septembre, réserve faite de sauts inexpliqués ?
- On s'interroge sur le caractère continument croissant du nombre de tests PCR effectués depuis le début de la campagne de tests PCR massifs. Cette interrogation n'est pas directement en relation avec le taux d'infection, sauf que on se demande quelle est la réalité d'un tel chiffre alors qu'il y a deux mois, on craignait un engorgement des laboratoires de tests biologiques, alors qu'on n'atteignait pas un million de test par semaine. Quels moyens nouveaux permettent une telle progression ? Quel effet sur la pertinence des tests et leur résultat positif ou négatif ? En particulier, comment évolue le taux de faux positifs avec cette accroissement "perpétuel" et surprenant du nombre de tests pratiqués ?
- On remarque aussi une étrangeté dans les chiffres inscrits sur la base de données du ministère de la santé. Trop de nombres dans le tableau représentant le nombre de tests ou le nombre de tests positifs "consolidés" révèlent des chiffres "proches" sur le clavier numérique, comme des séquences "333" ou "896". Je n'ai pas réalisé une statistique sur les chiffres "proches", mais je l'ai remarqué en saisissant à la main les données du Ministère de la Santé. Qu'en est-il ?
- Enfin, on s'interroge sur la sélectivité des tests RT-PCR du SARS-CoV-2. Selon mes informations, les primers utilisés pour ces tests sont fréquemment adaptés à plusieurs coronavirus, dont ceux des grippes saisonnières. La progression du taux d'infectivité ne proviendrait-elle pas, du moins en partie, de la détection d'une épidémie de grippe "classique" hivernale ?
Le Pr De Brouwer, spécialiste belge de santé publique, fait une remarque très semblable au sujet de l'infectivité (en Belgique semble-t'il) où le taux d'infection est stable à 5% et décolle brutalement le 4 Octobre de 5,6% jusque vers 20% le 15 octobre. De Brouwer écrit de la situation :
C'est IMPOSSIBLE.
Il y a donc eu un changement de méthode, au minimum, et nous ne savons pas lequel. Mais cette modification provoque des décisions avec des conséquences économico-sociales majeures. Et donc le moins qu'on puisse exiger est de savoir avec exactitude ce qui se passe " sous les radars ".
(Rapporté par J.-D. Michel dans Deuxième vague ?! Petit bouquet belge - Anthropo-logiques, du 22 Octobre 2020.
L'avis de Blachière et celui de De Brouwer montrent qu'il y a un problème. Mais lequel ?
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