Covid-19 - Observations sur le testage RT-PCR

Philippe Brindet - 18.10.2020

Le testage RT-PCR est destiné par leurs autorités sanitaires à mesurer la montée de l'épidémie sur le territoire français. Le problème est que ce genre de test est impropre à cette mesure.Tous les gens un peu au courant des question épidémiologiques le savent, les autorités sanitaires les premières. Mais, pour la plupart d'entre eux, il est indifférent de mettre en oeuvre une idée fausse si c'est pour obtenir un résultat "juste".

Quand en Mars 2020, l'OMS a fait une communication sur le coronavirus, elle a conclut en disant aux Etats : "Testez, testez, testez ..." (1) ce qui signifiait que c'était un outil essentiel dans la gestion de l'épidémie.

La plupart des Etats occidentaux ont fait le contraire pour la raison très simple qu'ils ne détenaient ni stocks de tests, ni machines de testage en nombre suffisant (2) et que les primers spécifiques du SARS-CoV-2 étaitent seulement produits par la Chine en quarantaine.

Le problème, c'est que l'OMS ne savait elle-même pas bien pourquoi il fallait tester. Elle n'a pas tardé à dire pourquoi quand même.

En fait lors de la vague épidémique qui s'est éteinte en avril 2020, la plupart des Etats et l'OMS se sont contentés de citer imperturbablement deux chiffres : le nombre des décès quotidiens et le nombre d'entrées en réanimation (3). Très clairement, le caractère anxiogène de ces annonces a été mis en évidence et on a compris parmi les autorités sanitaires que la "bataille était gagnée".

Quelle bataille pour quelle histoire ?

Contrairement à ce qu'on croyait encore en Mars 2020, la Chine avait parfaitement "gérée l'épidémie" chez elle. De l'ordre de 3.000 morts, une dizaine de millions de Chinois en quarantaine, Il y a 1 milliard 200 millions de chinois (4). A cette échelle, la France aurait dûe confiner le seul département de l'Oise et aurait eu 200 morts ... Au lieu de voir son PIB baisser de 10% comme c'est le cas de la France (chiffre estimé, non définitif) la Chine est simplement passée de la seconde place à la première place (5) dépassant les Etats-Unis avec un PIB supérieur de 10% !...

Il y a des crises comme on les aime. Et puis les autres ...

Après le 15 mai 2020, les autorités sanitaires en Occident se sont aperçus que le nombre des morts et celui des réanimations stagnaient lamentablement. Elles se sont donc souvenues du test PCR ... Et miracle, plus vous testez - un peu comme l'annonçait l'OMS deux mois auparavant, plus vous avez d'infectés. Le discours terrorisant la population peut reprendre alors même qu'il n'y a plus ni morts ni agonisants sous les respirateurs artificiels fabriqués par PSA ou par une ONG citoyenne ... (6).

Un discours officiel sur les tests PCR ..

D'après les autorités sanitaires, il s'agit d'une technique de pointe absolument incontestable qui mesure l'"effrayante progression" de l'épidémie dans la population française. Alors que lors du pic de Mars 2020, le test PCR était réservé aux malades graves entrant à l'hôpital pour être certain qu'ils "avaient la Covid" - les autres étaient exclus de l'hôpital public probablement pour protéger les "soignants" ... - les autorités sanitaires veulent que tout le monde passe le test remboursé par la Sécurité Sociale avec un prix moyen annoncé de 50 Euros. On aurait déjà ainsi engagé 13 550 961 tests (7) x 50 € par test, soit 777.548.050 €. Pour une opération qui ne sert médicalement à rien dans la majorité des cas testés (94% au 15 Octobre 2020).

Par contre, l'effet social est immense. Les autorités sanitaires peuvent ainsi montrer à la population tremblante que "le coronavirus circule librement à travers "ces irresponsables" qui vivent sans contrainte alors que nous sommes menacés de mort par ce terrible coronavirus" ! Et de là à rétablir une quarantaine, un confinement, une fermeture des restauranst ou des salles de spectacle, ...

Or, tout est faux dans ce discours. Le "terrible" coronavirus est suspecté, sans aucune certitude, dans 85 décès par jour en moyenne, le chiffre montant lentement (8) et les causes de comorbidité étant "masquées" par l'attribution au Covid. Il faut savoir qu'en moyenne, sauf en mars-avril 2020, la France déplore environ 1600 morts par jour ! (9) Dont 85 morts avec Covid ... soit moins de 0,05 % des décès quotidiens !

Malgré les files d'attente de plusieurs heures devant les laboratoires d'analyse biologique qui procèdent aux tests PCR, les autorités commencent à percevoir qu'un jour, les chansonnettes basées sur le test PCR seront appréciées par les tribunaux. Une minorité sceptique, critique - mais on dit qu'il y a des gens pour toujours tout critiquer - élabore des études pour sermer le trouble dans l'opinion publique. La presse lourde et un certain nombre d'organes assez obscurs - je pense aux réseaux sociaux et autres opérateurs Web, comprenant Facebook, Twitter, Google, Amazon et d'autres, font régner une censure absolue sur les opinions divergentes, y compris et surtout quand le critique est un scientifique de première grandeur. J'y reviendrai peut être dans un autre article.

Quelle est la réalité du test PCR ?

Elle est difficile, compliquée et ... récente. Elle se fonde sur une réaction chimique dont la découverte ou l'invention a donné le Prix Nobel de Chimie à son auteur. En 1993. J'y reviendrai.

La PCR est une opération qui permet d'amplifier des copies d'une protéine, ou d'un fragment de protéine, presque autant de fois qu'on le souhaite. L'idée de base conssiste à utiliser un corps chimique particulier en présence d'un échantillon et de réaliser une réaction en chaîne en répétant des cycles de chauffage du mélange.Schématiquement, s'il faut 10 millions de copies de la protéine pour pouvoir l'identifier ou travailler sur elle, il suffit de répéter un nombre de cycles de chauffage suffisant pour atteindre le résultat.

Ce qu'il faut bien comprendre, c'est que la protéine n'existe pas réellement. C'est une copie de celle-ci qui est produite ... Mais, lorsque l'on cherche les propriétés de cette protéine, la PCR est une réaction d'une importance majeure.Comme la protéine n'existe pas réellement, on comprend facilement que tester sa présence par la PCR dans un échantillon est une preuve à sens unique. Si la protéine se trouve dans l'échantillon, son amplification permettra de la détecter. Mais, si elle ne s'y trouve pas, ou si peu, la PCR la trouvera également. C'est la raison pour laquelle dès les années 90, Kary Mullis - c'est lui qui est l'inveteur de la PCR - a insisté pour qu'on n'utilise pas la PCR comme test infectieux.

Le problème, c'est qu'il est intervenu alors dans un débat brûlant sur le SIDA. Tout le monde voulait détecter le VIH, le virus du SIDA. Et Mullis protestait que sa réaction ne permettait pas de baser un test d'infection, par principe. Malheureusement, dans la lutte des années SIDA, cette prise de position sage et éclairée a été vilipendée comme une affirmation inqualifiable qui discréditait son auteur. C'est l'écho de cette querelle qui est revebnue dans le débat des tests PCR pour la détection du SARS-CoV-2.

D'autant que les biologistes utilisent depuis des années et à tour de bras les tests PCR dans tous les domaines de la médecine légale, de la médecine humaine et même en médecine vétérinaire, par exemple pour identifier le virus de la fièvre porcine.

Le processus de la RT-PCR de test de la Covid-19

Il est très long. On peut le résumer aux opérations suivantes :

  1. Réalisation préalable d'un robot de test
  2. Réalisation de primers du SARS-CoV-2
  3. Formation du personnel de test ;
  4. Insertion du patient dans une file d'attente ;
  5. Exécution du prélèvement par écouvillon avec précaution pour ne pas polluer le prélèvement et conditionnement du prélèvement ;
  6. Acheminement du prélèvement vers la machine de test ;
  7. Exécution du test ;
  8. Production du rapport ;
  9. Envoi du rapport à l'ARS, au patient et le cas échéant au médecin ordonnateur.

La machine de test exécute plusieurs (de 48 à 96) tests par passage. Le chargement de la machine avec les prélèvements est une opération que je ne détaille pas ici, mais qui est très risquée pour le sort de l'échantilllon. Il se trouve là une cause d'erreurs, négligeable quand on réalise quelques tests en hôpital, mais que l'on soupçonne de devenir majeure lors qu'on réalise des millions de tests par semaine dans plusieurs milliers de machines. Nous n'y reviendrons pas. Seulement pour dire que, à ce point seulement, il existe déjà suffisamment de difficultés pour justifier qu'on n'ait pas pris la décision d'adopter un tel test à l'échelle de la population.

Les opérations de test proprement dites sont :

  1. Extraction de l'ARN présent dans l'échantillon ;
  2. transcriptase inverse de l'ARN en cADN pour former l'amplicon ;
  3. Insertion des primers sur l'amplicon ;
  4. Insertion des luminophores ;
  5. Cyclage avec détection de l'amplification du cADN ;
  6. Arrêt du cyclage avec enregistrement du Ct et de l'amplitude des virions détectés.

En fait les causes d'erreur du test PCR sont extrêmement nombreuses. Elles touchent :

  1. la pollution virale lors des manipulations et du transport ;
  2. les erreurs du personnel travaillant dans la chaîne de tests dans l'urgence et avec pour certians une formation hâtive ;
  3. La contamination accidentelle du patient dans la file d'attente par un porteur ;
  4. les erreurs liées aux primers : errreur d''encodage, nombre de bases, spécificité ;
  5. les erreurs liées à la fixation et aux lavages des luminophores permettant de détecter la présence du virus ;
  6. le cyclage (Ct) trop élevé.

Certaines de ces causes d'erreur proviennent de l'énorme quantité de tests réalisés et qui sont négligeables quand on teste dans des conditions "normales". Or, l'accumulation de demandes de tests rend le taux d'erreurs bien plus élevé. On remarque ensuite des erreurs liées à l'interprétation statistique des résultats en masse. Il s'agit des erreurs introduites par :

  1. les faux positifs : il s'agit de porteurs déclarés infectés alors qu'ils ne le sont pas au sens épidémique ;
  2. les faux négatifs : il s'agit de personnes testées déclarées non infectées alors qu'elles le sont ;
  3. les personnes testées positives alors qu'elles sont en fin de période d'infection
  4. les personnes testées plusieurs fois et prises en compte pour établir le taux d'infection de la population totale

Quelle est la limite du test RT-PCR ?

Outil de laboratoire, la RT-PCR permet de confirmer ou d'infirmer dans certaines conditions un diagnostic symptomatique de la Covid-19. Le suivi épidémique, dans les conditions réelles sous lesquelles il semble exécuté en France, paraît extrêmement douteux. En réalité, la RT-PCR est conçue pour étudier l'ARN de cellules d'une manière générale, pas de faire de l'épidémiologie.

On note qu'une majorité de biologistes médicaux et de médecins proches des autorités sanitaires soutiennent vigoureusement les tests RT-PCR et leur pratique actuelle en France. On remarque que le remboursmeent du coût du test et l'incitation des autorités à ce que le maximum de personnes passent le test l'a transformée en une opération extrêmement lucrative pour ses opérateurs. Par ailleurs, et il semble que les autorités sanitaires aient veillé à en favoriser l'apparition, les conditions d'emploi du test RT-PCR semblent extrêmement favvorable à une surévaluation de l'importance de l'épidémie alors que les nombres de décès et de réanimations restent faibles.

Tout porte à croire qu'il s'agit donc d'un moyen d'auto-validation de la politique sanitaire actuelle.


Sources documentaires
  1. Polymerase Chain Reaction, texte de Kary Mullis, Prix Nobel de Chimie 1993 pour la découverte de la réaction chimique PCR. Texte probablement de 2009
  2. Article Wikipedia sur Kary Mullis
  3. Article Wikipedia sur la réaction PCR
  4. Article Wikipedia sur la PCR quantitative
  5. Test diagnostique du SARS-CoV-2
  6. Summary table of available protocols in this document, du 24 janvier 2020 ; étude de l'OMS sur les protocoles nationaux de tests RT-PCR destinés à la détection des infections SARS-Cov-2.
  7. Limits of Detection of 6 Approved RT–PCR Kits for the Novel SARS-Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) , du 15 mai 2020, Clinical Chemistry, Volume 66, Issue 7, July 2020, Pages 977–979
  8. Research Use Only 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real-time RT-PCR Primers and Probes, du 6 juin 2020 ; document officiel des CDC américains ;
  9. Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR, de janvier 2020, étude du centre de recherche de l'hôpital de La Charité de Berlin ;
  10. The statistical quirk that means the coronavirus pandemic may never officially end, The Telegraph du 12 08 2020
  11. How to Think Like an Epidemiologist, The New York Times du 4/08/2020
  12. No, 90% Of Coronavirus Tests Are Not 'False Positives' And This Is Why Hufftington Post du du 23 Septembre 20202
  13. Covid-19 and the false positive trap, du 16 Septembre 2020
  14. Lies, Damned Lies, & UK Health Statistics: The Deadly Danger Of False PositivesDr Yeodon, 29 Septembre 2020
  15. Viral RNA load as determined by cell culture as a management tool (270420) de Didier Raoult 27 avril 2020 qui estime qu'à partir d'un Ct à 33 ou 34, un patient n'est plus infectieux.
  16. Viral cultures for COVID-19 infectivity assessment – a systematic review (Update 3)
  17. BULLARD J - Predicting Infectious Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 From Diagnostic Samples (220520), de Jared Bullard et al., du 22 mai 2020 qui estiment qu'au delà d'un Ct de 24, un patient n'est plus infectieux.
  18. Counting COVID-19 ‘Cases' is Misleading Everybodypar Pr N. Fenton et al.le 8 octobre 2020 qui montrebnt que le taux de positivité ou nombre de nouveaux cas pour 1000 tests est le dixième de celui du pic de Mars 2020.
  19. Covid-19 : L'épidémie est terminée en Europe et il n'y aura pas de 2ème vague. STOP les tests PCR à l'aveugle., par Dr Gérard Delépine, le Octobre 2020.
  20. When is COVID-19 not COVID-19?, De Clare Craig dans LockdownSceptics du 9 Septembre 2020.
  21. "Dead" Virus Cells Frequently Trigger "False Positives" In Most Common COVID Test, New Study Finds, rapporte une étude du Center for medecine Evidence de l'Université d'Oxford, du 6 Septembre 2020.
  22. EL BAZE P - La grande supercherie des tests PCR (140920).html La grande supercherie des tests PCR, Dr Peter El Baze, dans FranceSoir du 14 Septembre >2020. Limite le Ct à moins de 30 pour une détection correcte des cas infectieux.
  23. Le brouillard d'une pandémie et le «problème de réalité complexe» : les tests PCR, un passage du qualitatif au quantitatif indispensable, Dr Beatrix Helfer, dans FranceSoir du 6 septembbre 2020
  24. Kary Mullis - Covid PCR test inventor - Not Meant To Be Used For Infectious Diseases, du 1er Octobre 2020 : incorpore une vidéo de Karry Mullis expliquant dans une conférence informelle que la PCR ne peut pas servir pour tester une maladie infectieuse.
  25. Can you generate a positive result for COVID-19 from an RT-PCR test?, par le site FactCheckNI, le 13 octobre 2020. Conteste l'opinion de Kary Mullis
  26. Fact check: Inventor of method used to test for COVID-19 didn’t say it can’t be used in virus detection, du 3 juillet 2020, par l'équipe de "fact checking" de l'Agence de presse Reuters. Conteste l'opinion de Kary Mullis tout dui moins pour ce qui concerne Covid-19 (apparu après dle décès de Mullis).
  27. Avis n° 2020.0020/AC/SEAP du 6 mars 2020 du collège de la Haute Autorité de santé relatif à l’inscription sur la liste des actes et prestations mentionnée à l’article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale, de la détection du génome du coronavirus SARS-CoV-2 par technique de transcription inverse suivie d’une amplification
  28. Avis du 25septembre 2020 de la Société Française de Microbiologie (SFM) relatif à l’interprétation de la valeur de Ct (estimation de la charge virale) obtenue en cas de RT-PCR SARS-CoV-2 positive sur les prélèvements cliniques réalisés à des fins diagnostiques ou de dépistage
  29. prélèvements et la sensibilité des tests RT-PCR pour la détection du SARS-CoV-2 , Avis du CNR du 9 mai 2020 (regroupement CHU Lyon et Pasteur)
  30. Kit de détection ANDiS SARS-CoV-2 et grippe A / B par RT-qPCR: page 13/19 le manuel d'instruction indique que le Ct pour le SARS-Cov-2 est de 45
  31. Essentials of Real Time PCR, Manuel de Applied BioSystems Inc. Décrit notamment l'occurrence de faux positifs à l'issur du maruage d'ADN doubre brin.
  32. "Impact of false-positives and false-negatives in the UK’s COVID-19 RT-PCR testing programme", Carl Mayers & Kate Baker, 3rd June 2020 ; source : https://www.gov.uk/government/publications/gos-impact-of-false-positives-and-negatives-3-june-2020
  33. Limits of Detection of 6 Approved RT–PCR Kits for the Novel SARSCoronavirus-2 (SARS-CoV-2) , Lin Yu, Clinical Chemistry 66:7 (2020) 977
  34. Presence of mismatches between diagnostic PCR assays and coronavirus SARS-CoV-2 genome, Kashif Aziz Khan and Peter Cheung, Published:10 June 2020 in The Royal Society Publishing.

Notes
  1. Message de l’OMS à tous les pays sur le coronavirus : Testez, testez, testez, par l'agence mondiale ONU News le 16 mars 2020.

  2. Coronavirus : la stratégie française de dépistage suscite des interrogations, Le Figaro du 23 mars 2020.

  3. 15.729 décès, plus lourd bilan en 24 heures, la baisse des besoins en réanimation se confirme, Le Figaro du 15 avril 2020.

  4. Le 19 octobre 2020, la John Hopkins University qui "suit" les stastistiques épidémiques de la Covid-19 annonce pour la Chine : Confirmed Cases = 90.972 & Deaths = 4.739. Lire https://coronavirus.jhu.edu/region/china. La JHU annonce ce même jour pour la France : Confirmed Cases = 876.342 & Deaths = 33.325 (https://coronavirus.jhu.edu/region/france). La France a donc 9 fois plus de morts que la Chine et 8 fois plus d'infectés ... Sa population est vingt fois plus petite.

  5. China Is Now the World’s Largest Economy. We Shouldn’t Be Shocked., Grahham Allison dans The National Interest, du 15 octobre 2020.

  6. Lire Coronavirus : la France fabrique-t-elle en toute urgence des respirateurs artificiels inadaptés ?, par France-Info TV, le 23 avril 2020 ou encore "MakAir", un respirateur artificiel spécialement conçu pour les patients atteints de Covid-19 de Doctissimo, du 23 avril 2020. Voir aussi notre étude : COVID-19 - Etat de l'épidémie au 06.10.2020.

  7. Tests virologiques (PCR), par le tableau de bord du Ministère de la Santé en date du 15 octobre 2020.

  8. COVID-19 - France, accroissement quotidien des décès, par le tableau de bord du Ministère de la Santé en date du 15 octobre 2020.

  9. Évolution du nombre de décès depuis le 1er mai 2020, par INSEE.



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