Une étude vient d'être publiée en preprint (Omicron variant of SARS-CoV-2 harbors a unique insertion mutation of putative viral or human genomic origin, A.J. Venkatakrishnan, 3 Décembre 2021) qui identifie l'unique mutation par insertion dans le gène S du variant Omicron de SARS-CoV-2. Il s'agit du code ins214EPE qui ne se retrouve dans aucun génome précédent de SARS-CoV-2 et de ses variants enregsitrés dans la base GISAID.

Or, ce code se retrouve dans deux sources : le génome d'un coronavirus de la grippe commune : HCoV-229E et le transcriptome humain, c'est-à-dire l'une des transcriptions en ARN du génome humain (en ADN).

Si la première source est la bonne, il s'agit alors d'une sorte de virus recombinant. Cette situation pourrait survenir chez un patient qui serait co-infecté par une souche précédente de SARS-CoV-2 et par HCoV-229E. Lors des opérations de transcriptions dans une ou plusieurs cellules co-infectées, le fragment ins214EPE aurait été inséré dans le variant Omicron pour terminer sa structure actuelle et la copie en ARN installée dans son génome intégré à un nouveau virion infectant relâché dans l'organisme du patient co-infecté.

Si la seconde source est la bonne, l'un des très nombreux éléments du transcriptome humain qui se trouve dans le cytoplasme de presque tous les humains depuis des années et qui code pour HCoV-229E, se serait inséré dans Omicron pour le finaliser lors d'une étape de réplication - transcription.

Le problème de cette recombinaison vient de la fonction du fragment ins214EPE. Dans le coronavirus de la grippe, il s'agit d'un site de liaison aux enveloppes des cellules intestinales humaines, un récepteur de type ANPEP. Mais, cette insertion confère à la protéine de pointe un moyen supplémentaire d'accrochage aux celleules humaines en plus du redoutable site PRRA de SARS-CoV-2 depuis son origine. ins214EPE pourrait ainsi renforcer les capacités d'infection de Omicron. mais pas forcément sa dangerosité.